Православна церква Київської митрополії в середині XVII ст. істотно різнилася від церкви Московського патріархату. Українська церква вистояла тривалу боротьбу з наступом Контрреформації, спробами утворити об'єднану церкву, перейняла у своїх супротивників систему освіти, науку латини, увагу до проповідей. Реформи митрополита Петра Могили ще дужче поглибили прірву між російською і українською церквами. Книги лаврського друку, образи на папері, хрещення без занурення у воду, а лише з обливанням ставали для російських священнослужителів доказом «неправильності» українців як православних. Найголовніше: українські священики були менш залежними від державних установ, а тісніше пов'язаними з паствою. Паства часто обирала їх та причет (дяків, титарів і півчих) з-поміж свого загалу, і цьому загалові священики зобов'язувалися служити.

Під час залюднювання нових територій часто переселялися цілі парафії, і колонізатори везли на нове місце й церковні Речі: ікони, книги, елементи вівтаря. Священики нерідко поруч зі старшинами очолювати переселенські громади й боронили їхні права перед російськими органами влади. Російська влада виокремлювала тих священиків, називаючи «білоруськими» чи «литовськими», підкреслюючи їхню інакшість. Українських переселенських священиків підпорядковували Московській патріархії, а потім із 1667 р. - утвореній Білгородській єпархії.

Зважаючи на церковні особливості українців, російські воєводи пробували виправдати свої конфлікти з козаками саме інакшістю віри й церковного життя. Так, у червні 1656 р. поселенці Острогозька (полковник Іван Дзинковський старшина й рядове козацтво) поскаржилися на воєводу Івана Караулова. Адміністрація білгородського воєводи князя Григорія Ромодановського взялася за розслідування справи. Виявилося, що воєвода брав великі хабарі. Караулов не заперечував, що брав, але при цьому зазначив, що не вимагав, а українці приносили їх самі. Крім того, полковник Дзинковський вважав неприпустимим те, що воєвода мав звичку розглядати дрібні справи, сидячи на паперті біля церкви. На думку ж Івана Караулова, самі українці поводили себе, неначе погани або не православні: вони їли конину, м'ясо ведмедів і куниць, байбаків, ворон, сорок і галок, тримали черепах у бразі та іншому питві; у церкві українські переселенці не молилися на Великдень та ще й приносили до храму байбаків. Іван Дзинковський заперечив такі нісенітниці.

Насправді на свято Воскресіння Христового українці носили до церкви для освячення поросят. А конину споживати ті острогожці, які тривалий час вартували в степу. Росіяни, які служили поруч із українцями, теж заперечили, що «черкаси» вживають «всіляку гадину», зазначивши, що в них хліб та сіль «такі ж, як у нас». Місцеве російське населення куди толерантніше, ніж царський управлінець, ставилося до традицій та особливостей побуту українців.

Чимало проблем із місцевим українським населенням мав і харківський воєвода 1657-1659 рр. Іван Офросимов. Харків'яни, як виявилося, не цілували хреста, не присягали цареві. Та найбільше воєводу лякало, що українці не мають російських образів, а «моляться паперовим аркушам (образам на папері - Авт.), своєму письму та стінам», не поминають про царське здоров'я у своїх молитвах.

Такі проблеми різниці церковних устроїв були надзвичайно суттєвими. Лише після посилення впливу українського духівництва на російську церкву, реформування тієї церкви ця різниця дещо згладилась і не так впадала у вічі.

Уніфікація церковних звичаїв на Слобожанщині, підведення їх під загальноросійський кшталт відбувалися паралельно змінам, які сталися в Російській православній церкві після низки реформ і запровадження Духовного регламенту 1721 р. Часто всі ці реформи з переслідуванням старих звичаїв та нищенням книг київського друку особливо ретельно проводили українці з походження, як превелебний білгородський єпископ Йоасаф Горленко (1748-1754).